La rentrée universitaire de novembre 1944 s'effectue à l’École Normale de Garçons, rue Caponière et la cérémonie de rentrée a lieu au cinéma Normandie. Elle est suivie d’une manifestation à l’Institut de botanique du Jardin des plantes, site universitaire préservé. L’École de médecine et de pharmacie est transférée rue Vaubénard près de l’amphithéâtre d’anatomie.
Dès novembre 1944 l’idée de la reconstruction mène à choisir un site, un architecte et un projet. Les architectes furent Henry Bernard et Édouard Hur. Le projet fut qualifié par Paris de " folie des grandeurs ". À la rentrée de 1945 le Professeur Fernand Moreau prononça le discours "Comment vivent et meurent, comment survivent les Universités ?".
Les hommes de la reconstruction furent peu nombreux : le Préfet Pierre Daure, les Professeurs Dangeard, Moreau, Musset, Contamine. Des documents d’archive montrent l’hostilité radicale de Paris à leur détermination de survivre. En décembre 1945 le conseil d’Université réaffirme le choix du site du Gaillon à l’unanimité, suivi en cela par le Maire de Caen, Yves Guillou. En 1948, pour marquer un point de non-retour dans la résurrection de l’Université, la première pierre est posée au lieu-dit "les Sablons" au nord du Château de Caen.
Le chantier durera jusqu’en 1954. L’occupation partielle des nouveaux bâtiments se fera à l’automne 1954 et durant l’hiver 54-55 : le Droit puis les Sciences commencent leurs enseignements et le 18 janvier 1957 a lieu l’inauguration de la Faculté des Lettres.
Les 1er et 2 juin 1957 l’inauguration de la nouvelle Université de Caen se fait en présence de 108 représentants d'Universités du monde entier et de nombreuses personnalités dont la Reine Elisabeth de Belgique. Cette manifestation grandiose consacre solennellement la renaissance de l'Université.
